Патологоанатомическое отделение является крупным подразделением Пермской краевой клинической больницы.

Отделение осуществляет диагностику патологического процесса в системах и органах с использованием светооптической микроскопии и комплекса унифицированных гистологических и гистохимических методов исследования секционного, биопсийно-операционного материала, поступающего из различных отделений Пермской краевой клинической больницы.

В год исследуется около 49 000 единиц оперативно-биопсийного материала.

Основные задачи отделения:
- прижизненная морфологическая диагностика заболеваний по биопсийно-операционному материалу
- динамический контроль за эффективностью лечения и прогностическая оценка заболеваний и патологических процессов на биопсийно-операционном материале
- посмертная диагностика заболеваний на материале патологоанатомических вскрытий с установлением причин и механизмов смерти
- внутрибольничная клинико-патологоанатомическая экспертиза на клинико-патологоанатомических конференциях, лечебно-контрольных комиссиях, комиссиях по исследованию летальных исходов

Оборудование
- В отделении осуществляется автоматическая проводка исследования материала на гистопроцессоре Sakura Tissue Tek vip5 закрытого контура. Применение гистологического автомата привело к резкому сокращению сроков исследования до 1-2 суток. 
- Интраоперационно исследуется операционно-удаленный материал на криотоме Thermo фирмы «Shandom».

- Лаборанты работают на полуавтоматических микротомах фирмы «Микром».

Врачи отделения осуществляют большую консультативную и организационно методическую работу врачам-патологоанатомам города и края, выезжают в плановые и экстренные командировки в города и районы края.

Ежегодно отделение совместно с кафедрой патологической анатомии ПГМА организует и проводит краевые конференции врачей патологоанатомов и лаборантов гистологов с проведением конкурсов «Лучший по профессии». На базе отделения проходят циклы усовершенствования лаборантов-гистологов, проходят интернатуру врачи-патологоанатомы.

Патологоанатомическое отделение осуществляет:

1. прижизненную диагностику путем гистологического исследования операционного и биопсийного материала
с использованием обзорных окрасок гематоксилином и эозином, пикрофуксином по Ван-Гизону,
с гистохимическим выявлением слизи, липидов, гликозамиигликанов, фибрина и фибриноида;
с использованием гематологической окраски по Романовскому-Гимза;
с выявлением бактерий в тканях по Грамму, микобактерий но Циль-Нильсону, хеликобактерий по Романовскому-Гимза;
с выявлением патогенных грибов Шик-реакцией и др.

Исследуются самые различные материалы:
биоптаты печени для диагностики циррозов, гепатитов и их степени активности;
биоптаты почек для морфологической диагностики различных вариантов гломерулонефрита, интерстициального нефрита или амилоидоза почек;
биоптаты слизистой желудочно-кишечного тракта, желчевыводящхих путей, дыхательных, мочевыводящих путей;
биоптаты яичка для решения вопроса о сохранении сперматогенеза;
исследуются биоптаты женской половой системы, соскобы из полости матки для диагностики различных нарушений менструально-овариальной функции;
определяется степень легочной гипертензии и осуществляется дифференциальная диагностика различных диссиминированных процессов в легких по биоптатам легочной ткани и внутригрудных лимфоузлов;
исследуются лимфоузлы для дифференциальной диагностики гиперпластических, воспалительных, опухолевых процессов как метастатических, так и из собственной лимфоидной ткани;
исследуется костный мозг по трепанобиотатам при различных гематологических заболеваниях;
диагностируются предопухолевые процессы и опухоли самых различных локализаций и т.д.

Осуществляется консультативная работа по изучению секционного материала гистологических препаратов операционного и биопсийного материала из других лечебных учреждений.

2. посмертную диагностику путем вскрытия трупов умерших больных с обязательным гистологическим исследованием секционного материала, с забором материала при наличии соответствующих показаний на бактериологические, серологические, вирусологические, иммунологические, биохимические исследования.

Для морфологической диагностики различных патологических процессов достаточно широко используются гистохимические методы исследования:
выявление слизи альциановым синим. Шик-реакцией;
выявление амилоида конго-красным, фибрина и фибриноида по Слинченко, по Вейгерту;
выявление жира и связанных липидов судановыми красителями.

Врачи отделения принимают участие в работе клинико-экспертных комиссий по разбору летальных случаев.

Осуществляется анализ качества посмертной диагностики путем сопоставления клинических и морфологических данных.